СОУТ на вакантном рабочем месте проводить нельзя, т.к. без сотрудника рабочих процессов нет, исключение - оценка аналогичных рабочих мест
Надо ли проводить СОУТ на вакантном рабочем месте?

Провести ее нельзя. Без сотрудника штатные производственные (технологические) процессы на рабочем месте не происходят.
Отметим, Минтруд указывал на исключение из этого правила. Можно провести спецоценку на свободных рабочих местах, которые, в частности, признаны аналогичными.